加州大学洛杉矶分校(UCLA)、圣保罗大学(University of Sao Paulo)、圣卡洛斯联邦大学(Federal University of Sao Carlos)和南加州大学(University of Southern California)的一组研究人员最近开发了一种交互式工具，蓝冠测速评论用于实时管理大规模的生物信息分析，并可通过便携设备进行分析。这个叫做望远镜的新工具，是在arXiv上预先发表的一篇论文中首次提出的。
开发望远镜的团队包括来自加州大学洛杉矶分校合作实验室(UCLA Collaboratory)的博士后研究员，该实验室是该大学定量和计算生物科学研究所(Institute for Quantitative and Computational Biosciences)的一个研究实验室。在加州大学洛杉矶分校的合作实验室工作，使这些研究人员能够与大学里在计算生物学方面具有不同水平专业知识的其他学生和教员进行交流。这些交互作用最终激发了团队开发一个用户友好的工具来管理大规模的生物信息学分析。
研究人员通过电子邮件告诉TechXplore:“当今大多数生命科学和生物医学研究的目标效应是如此微妙和难以察觉，以至于大量数据和计算能力已经成为新的现状。”“然而，研究人员经常将对命令行工具的过度依赖描述为对那些缺乏正式计算训练的人来说是非常麻烦和不直观的。”
在鼓励研究人员开始使用强大的方法进行大规模生物信息学分析方面，专门的培训活动和讲习班被发现特别有效。然而，在计算设备上使用这些方法的大多数技术都不能很好地与湿实验室环境相结合，因为大多数生物学实验都是在湿实验室中进行的。考虑到这一点，研究人员着手开发一种能够更好地整合生物信息学工具和湿实验室研究的工具。
“望远镜的提出是为了促进湿实验室研究和生物信息学之间的整合和更紧密的合作，减少传统上需要在计算设备中运行复杂生物信息学分析的学习曲线，”该团队告诉TechXplore。“然而，我们面临的挑战是确保最终的解决方案确实能够解决这些差距，并且对大多数研究人员来说是直观的。”
为了向精通技术的研究人员和那些计算能力有限的人展示他们的解决方案，研究人员决定在2018年初的第二届黑客松活动中引入望远镜。Hackathon将IT和编码技能的研究人员聚集在一起，为他们提供了作为一个团队学习IT技能的机会，例如，探索如何构建脚本并将生物信息工具应用于数据集。
研究人员解释说:“我们的想法吸引了两种人，一种是想尽快动手直接处理数据的新手，另一种是只想用手机查看工作的技术达人。”“因此，望远镜是为社区设计的。”
大多数在潮湿的实验室环境中进行实验的研究人员需要满足大量的时间要求。望远镜的设计是为了帮助他们更好地管理他们的工作量，实时监督和调整生物信息学分析。
望远镜用户界面:第一个屏幕显示集群上作业的状态。下一个屏幕显示了关于第一个列出的作业的详细信息:源目录、脚本文件的名称和内容，以及当前任务输出的最后几行。资料来源:Brito等人。
从本质上说，望远镜加强了湿式实验室实验和分析大量生物数据的工具之间的关系。它通过提供一个安全的、用户友好的平台来实现这一点，用户可以在这个平台上启动他们的研究并管理与生物信息学工作相关的任务，这些任务运行在高性能集群中。
“望远镜利用常见的web框架，如Twitter的Bootstrap，提供了令人眼花缭乱的用户体验，并支持可扩展的界面，”研究人员说。“为了支持新用户和有经验的用户，望远镜的核心使用行业标准管理和存储用户访问密钥。”
望远镜存储的访问密钥用于通过安全外壳连接高性能计算集群，以便接收最新的作业状态更新并在需要时发出新命令(例如，删除旧任务等)。通过望远镜，湿实验室的科学家们可以跟踪他们的工作状态，并可以方便地直接通过手机获取他们的生物信息学分析的初步结果。这意味着，他们也可以在分析的早期发现潜在的问题，并在不使用计算机的情况下取消这些分析。
“与通常在Linux终端上使用命令行相比，Telescope是一种更直观、更具交互性的工具，”研究人员解释道。例如，分享分析结果就像分享链接一样简单，就像你在Twitter或Facebook上做的那样。尽管如此，我们认为我们最有意义的成就是在发展之初与传统非计算生命科学界的合作。”
这种管理生物信息学分析的新工具密切考虑了生物学研究人员的需要。事实上，该团队利用黑客马拉松活动收集了不同程度的IT能力和使用计算分析工具的经验的生物学专家的输入和反馈。
研究人员说:“我们收集了计算新手的输入，因为我们想要创建一个工具，解决使用不直观的命令行最具挑战性的问题。”“然后我们开发了一个简单和最小的网络界面，可以运行在各种设备，包括移动电话，蓝冠收益没有设置。我们面临的挑战是在简单性和安全性之间进行权衡，我们通过采用行业标准协议实现了良好的平衡，比如使用PBDKS存储密钥。”
这组研究人员开发的工具现在可以在GitHub上找到，它可以帮助生物学专家进行工作，帮助他们以更简单、更直观的方式管理他们的生物信息学分析。除了允许生物医学研究人员从他们的便携设备访问大型计算设施的能力之外，Telescope还是一个可定制和可扩展的软件。这意味着用户可以向它添加新功能，或者帮助进一步开发它。
研究人员表示:“我们的项目现在将由南加州大学的Mangul实验室作为开源软件进行维护。”“为了进一步评估用户体验，我们还计划将望远镜整合到我们实验室的大部分分析系统中。作为下一步，这些测试将扩展到一个更广泛社区的beta测试人员投票。我们的首要目标是在未来为USC的高性能集群的用户推出望远镜。在整个过程中，Mangul实验室将蓬勃发展，与社区进行接触，以推动采用，蓝冠体彩新闻并确保望远镜仍然相关。”